W wiekach XII_XIV powstała większość znanych europejskich uniwersytetów, m. in. w Padwie, Bolonii, Paryżu, Oksfordzie i Cambridge, później w Rzymie, Florencji i Pradze.
Najstarsza polska uczelnia założona w 1364 roku jako Akademia Krakowska. Impulsem do jej stworzenia były ambicje Kazimierza Wielkiego do posiadania własnej wyższej uczelni. Wzrosły jeszcze w 1348 roku, kiedy to król Czech Karol IV założył uniwersytet w Pradze. Po staraniach u papieża król uzyskał przywilej stworzenia Akademii. Pierwsza jej nazwa to Studium Generale. Początkowo była niepełnym uniwersytetem, nie miała bowiem wydziału teologicznego (papież nie wyraził na jego organizację zgody).
Właściwą działalność edukacyjną jako uniwersytet UJ (nazwa ta pojawiła się dopiero w XIX wieku) rozpoczął po modernizacji i reorganizacji w 1400 roku. Swoje odrodzenie uczelnia zawdzięcza determinacji i hojności królowej Jadwigi. Dzięki jej staraniom w 1397 roku papież zezwolił na powołanie wydziału teologii, a królowa przekazała testamentem swe kosztowności na potrzeby uniwersytetu. Przy odnowieniu uczelni dużą rolę odegrał , wykształcony na zagranicznych uniwersytetach, Mateusz z Krakowa (zmarł w 1410 roku). Pierwszym rektorem odrodzonego uniwersytetu był Stanisław ze Skarbimierza (zmarł w 1431 roku), który był zwolennikiem sprawiedliwych wojen, prowadzonych dla odzyskania własności. Innym znanym rektorem Akademii Krakowskiej był Paweł Włodkowic, ktory głosił , że nikogo nie wolno zmuszać do wiary, rozgraniczał kompetencje cesarza i papieża wobec niewiernych, obronił Polskę przed paszkwilanckimi atakami niemieckiego dominikanina. Do dziś ukończenie tej Alma Mater to powód do dumy. Najstarsze budynki uczelni zachwycają swą architekturą i majestatem, ale warto pamiętać, że cały Kraków dysponuje setkami pięknych zabytkowych obiektów.